Das Trennungsprinzip ist ein Prinzip der Unternehmensbesteuerung in Deutschland, insbesondere der Besteuerung von Kapitalgesellschaften. Bei diesen ist das Unternehmen selbst steuerpflichtig, während Einzelunternehmen und Personengesellschaften nach dem Transparenzprinzip besteuert werden.

Getrennt wird zwischen dem Gewinn der Kapitalgesellschaft und den Einkünften des Gesellschafters. Der Gewinn der Gesellschaft unterliegt der Körperschaftsteuer und die Einnahmen (z.B. Gehaltszahlungen) des Gesellschafters der Einkommensteuer.
Das Gehalt, das durch die Gesellschaft an den Gesellschafter gezahlt wird, sind Kosten für das Unternehmen und dürfen als Betriebsaufwand abgezogen werden. Das Jahresergebnis gemindert um das Gehalt des Gesellschafters ergibt das zu versteuernde Einkommen.

Gewinnausschüttungen (Dividenden) der Kapitalgesellschaft an eine natürliche Person als
Anteilseigner unterliegen bei dieser der Einkommensteuer, von der Kapitalgesellschaft einbehaltene Kapitalertragsteuer wird wie eine Einkommensteuervorauszahlung angerechnet.

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