Die WSD-Ost ist eine Mittelbehörde und dem Bundesministerium für Verkehr-, Bau- und Stadtentwicklung (BMVBS) nachgeordnet und hat ihren Sitz in Magdeburg.

Die Wasser- und Schifffahrtsdirektionen sind für die Verwaltung der Binnen- und Seeschifffahrtsstraßen (Bundeswasserstraßen) und für die Regelung des Schiffsverkehrs zuständig.
Die Zuständigkeit des Bundes für die Bundeswasserstraßen ergibt sich aus Artikel 89 des Grundgesetzes, wonach der Bund Eigentümer der früheren Reichswasserstraßen ist.

Der Leiter der WSD-Ost ist Herr Thomas Menzel.

Nachgeordnete Behörden

• Wasser- und Schifffahrtsamt Dresden Allgemein
• Wasser- und Schifffahrtsamt Magdeburg Allgemein
• Wasser- und Schifffahrtsamt Lauenburg Allgemein
• Wasser- und Schifffahrtsamt Brandenburg Allgemein
• Wasser- und Schifffahrtsamt Berlin Allgemein
• Wasser- und Schifffahrtsamt Eberswalde Allgemein

Zu den WSÄ gehören regionale Außenbezirke mit Betriebsstellen, wie z. B.: Schleusen und Hebewerke sowie Bauhöfe.

• Wasserstraßenneubauamt Berlin Allgemein
• Wasserstraßenneubauamt Magdeburg Allgemein

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